La cathédrale représente le point d'ancrage du centre historique d'Alghero, une ville qui a conservé une forte identité culturelle catalane.
Avec la « Bolla Aequum reputamus », préparée par Alexandre VI mais promulguée le 26 novembre 1503 par le pape Jules II, la demande de Philippe II de réformer les anciens diocèses sardes a été acceptée. En 1495, le souverain a soumis au Saint-Siège un projet de révision de la juridiction ecclésiastique sarde, qui envisageait la réduction du nombre de diocèses.
Depuis la réforme de 1503, les anciens diocèses de Bisarcio, Castro et Ottana ont été fusionnés en un seul district avec un nouveau siège à Alghero.
La forteresse, élevée au rang de ville par le roi en 1501 notamment en raison du nouveau rôle qu'elle aurait dû jouer, n'a longtemps pas eu de bâtiment digne de servir de cathédrale.
Le premier évêque, Pietro Parente, nommé en 1504, a résidé à Sassari et pas même les suivants, jusqu'à Durante dei Duranti (1538-1541), ont résidé dans le nouveau diocèse sans cathédrale, dont l'usine n'a été ouverte que dans la troisième décennie du XVIe siècle et a continué à fonctionner malgré mille difficultés, souvent d'ordre économique.
On suppose qu'en 1547, le chœur aux cinq chapelles radiales circulaires et le clocher octogonal en forme de tonneau qui s'élève au-dessus de la chapelle centrale de la galerie, avec la façade sous-jacente avec le portail en lys, suivent le modèle élisabéthain désormais consolidé des cathédrales catalanes, de Barcelone en particulier. Par la suite, les travaux ont ralenti et ont repris avec une vigueur renouvelée sous l'évêché de Monseigneur Pietro Perez del Frago, élu en 1566. Quelques années plus tôt, un architecte italien ou classique, peut-être Rocco Capellino lui-même, ingénieur militaire en Sardaigne à partir de 1552 dans le but d'adapter les forteresses de l'île aux nouvelles techniques de guerre, avait apporté une touche Renaissance à la construction.
Parmi les cinq chapelles radiales qui composent la ceinture, la première du s., de plan rectangulaire et voûtée sans nervures avec des pieds inspirés de la Renaissance, doit être considérée comme la dernière exécutée par ordre chronologique, lorsque le nouveau concept architectural du classicisme a pris le dessus. À partir de ce moment, les travaux se poursuivront selon un plan de la fin de la Renaissance qui comprenait une grande salle longitudinale divisée en trois nefs et reliée au corps gothique au moyen d'un vaste transept.
Les ordinations de l'évêque Bacallar, le 18 septembre 1593, témoignent de la consécration du bâtiment, même si l'on ne peut dire que l'usine a été réellement achevée que vers le milieu du XVIIe siècle. En 1638, en effet, le transept et la croisière ont été couverts, qui ont été transformés respectivement en pavillon et en dôme octogonal sur un haut tambour vitré.
Les nefs avaient déjà été retournées à la fin du siècle précédent, la plupart dotées d'une voûte en berceau légèrement abaissée posée sur un rebord soutenu par de grandes étagères classiques et marquée par des sous-arches qui divisent l'espace inférieur en baies. La différence minimale entre les bras orthogonaux confère à la structure longitudinale une centralité Renaissance, soulignée par le développement accentué de la hauteur des nefs.
Le clocher, dont le tonneau octogonal est couronné par une flèche pyramidale, fait partie d'un type courant en Catalogne (chapelle Sant'Agata et cathédrale de Barcelone).
Parmi les meubles en marbre, en raison des revêtements baroques de la fin du XVIIIe siècle, la chaire et le maître-autel monumental de Giuseppe Massetti de Gênes (1727) sont précieux.
Le pronaos néoclassique est le résultat de la reconstruction au XIXe siècle de la façade originale de la fin de la Renaissance.

Historique des études
L'église fait l'objet d'études dans le volume de Francesca Segni Pulvirenti et Aldo Sari sur l'architecture gothique tardive et Renaissance (1994) et par Salvatore Naitza sur l'architecture puriste de la fin du XVIIe siècle (1992).

Bibliographie
S. Naitza, Architecture de la fin du XVIIe siècle au classicisme puriste. Nuoro, Ilisso, 1992, feuille 64;
F. Segni Pulvirenti - A. Sari, Architecture gothique tardive et Renaissance. Nuoro, Ilisso, 1994, feuille 32.

Comment s'y rendre
Sur le front de mer de Magellano, dans l'étroit tronçon entre la tour « de Castilla » et la tour « de la Magdalena », la Porta a Mare s'ouvre et mène à la place civique. De là, sur la droite, vous passez sur la petite place du Duomo, où surplombe la cathédrale d'Alghero.