Le complexe surplombe la Piazza Ginnasio, la zone la plus spacieuse du tissu urbain du centre historique d'Alghero, et avec sa monumentalité et les couleurs vives de son dôme, il domine le secteur S de la ville.
L'église a été construite en 1662 sur un bâtiment préexistant appartenant au Chapitre, dédié à Saint Michel lui-même, qui possédait le plus grand cimetière de la ville, qui s'étendait jusqu'aux murs, près de la Porta San Giovanni.
Le nouveau bâtiment a été construit par les jésuites, arrivés à Alghero en 1584 pour prendre possession de l'héritage laissé par le riche doyen d'Alghero Carrovira, décédé cinq ans plus tôt, qui avait organisé la vente de ses actifs et investi le produit de cette vente dans la construction d'un collège géré par la Compagnie de Jésus. En fait, Alghero n'avait pas de lycée à l'époque, et Mgr Baccallar a profité de l'arrivée des jésuites pour leur faire don de l'église de San Michele et démanteler le cimetière attenant, transféré à côté de la cathédrale, afin que la Compagnie puisse construire son propre collège dans cette zone, avec l'argent acquis grâce à l'héritage de Carrovira.
Les travaux ont débuté en 1589 avec la construction du collège ; la nouvelle église a été construite à partir de 1662, probablement sous la direction de Domenico Spotorno, et incorporant partiellement le bâtiment préexistant. Cependant, il s'agissait d'un long chantier, qui n'a été achevé qu'au début du XVIIIe siècle grâce à un nouveau don, dû au capitaine de l'armée espagnole Jeronimo Ferret.
En 1774, à la suite de la dissolution de la Compagnie de Jésus par le pape Clément XIV, le complexe a été abandonné et le collège a été utilisé comme caserne. Les jésuites ne sont revenus à Alghero qu'en 1950, récupérant une partie du bâtiment qui abrite aujourd'hui un centre associatif et une bibliothèque ; l'autre partie de l'ancien lycée était plutôt utilisée à des fins résidentielles et se trouve actuellement dans un état de dégradation manifeste.
L'église propose à nouveau les modèles de construction du maniérisme tardif, que l'on retrouve dans la plupart des bâtiments jésuites et dont le prototype a été construit dans l'église de Jésus construite par Vignola à Rome. La particularité du bâtiment d'Alghero réside dans le fait qu'il a un plan oblique (et non perpendiculaire) par rapport à l'axe routier, probablement parce qu'il suit, au moins en partie, la tendance de l'église préexistante.
La façade présente un haut socle en pierres de taille carrées en grès et un tympan cassé décoré d'un simple cadre en saillie. La maçonnerie est lisse et ponctuée exclusivement de trois grandes fenêtres rectangulaires pour l'éclairage intérieur. Le portail en bois est cintré et surmonté d'un bas-relief en marbre représentant l'Annonciation.
L'intérieur possède une nef unique avec une voûte en berceau, divisée par des arcs transversaux reposant sur des colonnes corinthiennes. La salle est flanquée de trois chapelles profondes reliées entre elles de chaque côté. À l'intersection entre l'unique nef et le transept, se trouve un presbytère quadrangulaire, surmonté d'un magnifique dôme octogonal posé sur un haut tambour soutenu par des plumes.
À l'extérieur, le dôme, équipé d'une lanterne, est décoré de carreaux polychromes réalisés selon un dessin d'Antoni Simon Mossa et Filippo Figari vers le milieu du XXe siècle.

Histoire des études
L'église fait l'objet d'un bref résumé dans le volume de Salvatore Naitza sur l'architecture puriste de la fin du XVIIe siècle (1992).

Bibliographie
P. Nonis, « Églises et sanctuaires du territoire d'Alghero », à Alghero : cara de roses, Cagliari, 1951, p. 360/365 ;
S. Colomo, Guide d'Alghero et de ses environs, Sassari, 1984 ; S. Naitza, Architecture de la fin du XVIIe siècle au classicisme puriste.
Nuoro, Ilisso, 1992, feuille 11 ;
E. Valsecchi, Monuments du centre historique d'Alghero, Sassari, 1995 ;
A. Ingegno, Le centre historique d'Alghero : notes pour la recherche, Oristano, 1996 ;
L. Deriu, Alghero : la ville antique, Sassari, 2000 ; T. Kirova, L'architecture religieuse du baroque en Sardaigne, Cagliari, 2002.

Comment s'y rendre
À partir de la Piazza Sulis, prendre la Via Carlo Alberto. Le bâtiment se trouve environ 100 m sur la droite, à l'intersection avec la Piazza Ginnasio.