Quartu Sant'Elena est la troisième ville de Sardaigne, après Cagliari et Sassari, et possède toutes les caractéristiques d'un centre urbain de taille moyenne. L'église de Sant'Agata se trouve à une courte distance de l'église paroissiale de Sant'Elena.
L'ichnographie, la technique de maçonnerie et les éléments nus insérés dans l'usine permettent de dater l'usine entre 1140 et 1160. Elle était liée à une église romane avec une seule pièce, avec une grande abside semi-circulaire orientée au N/E, dont les fondations et une section importante ont été retrouvées et laissées apparentes.
Le titre est mentionné pour la première fois dans une lettre de 1291, envoyée par le pape Nicolas IV à l'archevêque de Cagliari Percivalle (1290-1295), qui accordait l'indulgence aux fidèles qui avaient visité la cathédrale de Cagliari et l'église de Sant'Agata in Quarto à l'occasion de la fête de Sainte Marie et de leur patronne respective.
En 1280-1300, l'église a été reconstruite par des ouvriers locaux sur les mêmes fondations et avec la réutilisation de matériaux. Elle a toujours eu une seule nef mais une abside rectangulaire voûtée en croix, dérivée de San Francesco di Stampace à Cagliari, construite par des ouvriers pisans entre 1274 et 1285 selon les méthodes de construction gothiques.
En 1365, avec une vaste zone environnante, elle faisait partie du patrimoine épiscopal, comme en témoigne l'inventaire des revenus ecclésiastiques de Cagliari concernant les biens ne provenant pas des ordres monastiques. On peut donc supposer que c'était la propriété de l'évêque, même dans le passé.
En 1599, comme en témoigne la visite pastorale de l'archevêque de Cagliari Lasso Sedeño, l'église était dans un état de grave détérioration et des réparations ont été ordonnées.
En 1631, l'évêque Ambrogio Machin a fait don de l'église et de ses appareils aux pères capucins, arrivés à Cagliari en 1590, qui l'ont restaurée en apportant de lourdes modifications pour l'adapter à leurs besoins liturgiques : ils ont reconstruit la façade, remplacé le toit en bois de la nef par des voûtes en berceau et croisé et ont divisé l'espace de la classe pour obtenir un grand presbytère et un chœur derrière celui-ci, y compris l'ancienne abside rectangulaire.
En 1702, trois chapelles ont été construites entre les contreforts du côté droit, suivant toujours le schéma caractéristique des églises capucines. Sur le côté gauche, le couvent a été annexé, dont certaines pièces ont conservé la structure d'origine, ainsi que le cloître avec le grand réservoir. Le nouveau complexe religieux a été nommé d'après Saint François. Les travaux ont duré longtemps, principalement grâce à des legs sur une période de plus de dix ans, à partir de 1633.
En 1866, l'ensemble du complexe a été confisqué pour les biens de l'État et, en 1868, cédé à la municipalité de Quartu, qui a laissé l'église ouverte au culte et présidée par les Capucins eux-mêmes ; depuis 1886, elle est confiée au clergé de la paroisse de Sant'Elena. Le couvent, soumis à de lourdes modifications qui ont bouleversé sa structure d'origine, a été utilisé comme école et, en 1925, il a été accordé au prêtre quartais Virgilio Angioni, fondateur de l'Institut du Bon Pasteur, pour y créer un refuge pour les pauvres et un hôpital. Elle est ensuite devenue, jusqu'en 1985, une maison de retraite pour personnes âgées.
De 1902 à 1925, l'église était destinée à un usage civil et n'a été rendue au clergé de Sant'Elena qu'en 1926. Au cours de cette période, afin de rendre l'espace fonctionnel pour de nouveaux usages, certaines niches des XVIe et XVIIIe siècles ont été remplies et des fenêtres rectangulaires ont été ouvertes dans les deuxième et troisième chapelles. Les travaux de restauration ont redonné à l'église, entre-temps rebaptisée
Sant'Agata, son aspect « cappuccino ». L'ancien couvent, restauré entre 1993 et 2001 avec l'élimination des superficies et la mise en valeur des structures les plus anciennes, abrite une galerie d'art, un musée et une bibliothèque spécialisée.
Dans la voûte de la salle de conférence, la grande peinture murale de 1899, détachée de la voûte de l'ancien hôtel de ville, a été placée.

Historique des études
Les travaux de restauration, réalisés entre 1990 et 1996, ont permis à Ida Farci de relire les différentes phases de construction du monument.

Bibliographie
D. Scano, Histoire de l'art en Sardaigne du XIe au XIVe siècle, Cagliari-Sassari, Montorsi, 1907 ;
R. Delogu, L'architecture du Moyen Âge en Sardaigne, Rome, Bibliothèque d'État, 1953 ; I. Farci, Quartu S. Elena.
L'art religieux du Moyen Âge au XXe siècle, Cagliari, Stef, 1988 ;
R. Coroneo, L'architecture romane du milieu du millénaire au début du XIIIe siècle, Nuoro, Ilisso, 1993, page 163 ; I. Farci-A. Ingegno, l'église de Sant'Agata à Quartu Sant'Elena. Relecture après restauration, Cagliari, Stef, 1994 ;
R. Coroneo, Eglises romanes de Sardaigne. Itinéraires touristiques et culturels, Cagliari, AV, 2005, p. 94 ;
I. Farci, « Église de Sant'Agata et ancien couvent capucin de San Francesco in Quartu Sant'Elena », dans Les joyaux de l'architecture religieuse. Histoire, restaurations et mobilier du style roman au style classique, sous la direction de N. Rossi-S. Meloni, Dolianova, Grafica del Parteolla, 2005 ;
G. Montaldo, « Église de Sant'Agata et ancien couvent capucin de San Francesco : restauration de l'architecture du monument », dans Les joyaux de l'architecture religieuse. Histoire, restaurations et mobilier du style roman au style classique, sous la direction de N. Rossi-S. Meloni, Dolianova, graphique de Parteolla, 2005.