La iglesia forma parte del complejo del convento de Minimi.
Fundada por San Francisco de Paula (1416-1507), la orden fue aprobada en 1474 con el nombre de Congregación Paulina de Ermitaños de San Francisco de Asís; más tarde pasó a llamarse Orden de los Mínimos.
Los Padres llegaron a Cerdeña en 1625; a mediados del siglo XVII recibieron una donación de tierras cerca del puerto donde, a finales de siglo, construyeron el actual convento y la iglesia adyacente.
El edificio, parecido a un aula, con tres altares en cada lado y un presbiterio rectangular profundo, tenía una fachada con una terminal en forma de «lámpara de carabinero» y un portal enmarcado por pares de columnas corintias. Estas características aparecen por primera vez en Cagliari en la iglesia de la Confraternita dei Genovesi, dedicada a los SS. Giorgio y Caterina (destruidos por los bombardeos de 1943) y construidos en 1615, y en la iglesia de la Compañía de Jesús, dedicada a Jesús, María y Santa Teresa, cuya construcción se inició en 1623; un punto de referencia común, para ambos, es el gusto arquitectónico manierista de la Contrarreforma, que en Cerdeña se fusionó con los modos gótico-catalán.
La corona de doble flexión de la fachada también está presente, en Cagliari, en las iglesias de Santa Chiara y Santa Restituta, ambas de las primeras décadas del siglo XVII.
Desafortunadamente, la fachada de San Francisco, en 1926, se consideró desprovista de interés artístico y fue demolida. El nuevo prospecto neoclasicista, diseñado por el ingeniero Ferraro e inaugurado en 1932, respondía al gusto artístico del régimen fascista; la cultura urbana de aquellos años también incluía «soluciones de alineación de las fachadas porticadas de Via Roma, que datan de finales del siglo XIX».
El interior, por otro lado, ha mantenido su estructura del siglo XVII. La bóveda de cañón del aula se asienta sobre un armazón moldeado que discurre sin solución al presbiterio; los subarcos que la refuerzan descargan pilastras estriadas adosadas a los pilares sobre los capiteles jónicos.
Entre estos últimos, se encuentran, en ocasiones alternas, quioscos y altares arquitectónicos, incluidos en arcos de medio punto con un intradox en caja.
El presbiterio, construido sobre una cripta de dos habitaciones destinada al entierro de los frailes, se eleva en cuatro escalones. Su mobiliario, en mármol policromado, fue ejecutado por el lombardo Giovanni Battista Spazzi (1745 - 1797) hacia 1793; el altar tiene un mástil rectangular con volutas angulares y un escudo central colocado por la imagen en bajorrelieve de San Francisco de Paula que cruza milagrosamente el estrecho de Messina; la hornacina alberga el simulacro de madera del Santo del siglo XVIII; la balaustrada que lo cierra es situada en el centro sobre dos leones.
El primer altar de la izquierda, con una base rectangular de mármol con incrustaciones (principios del siglo XVIII), alberga, dentro de un quiosco de madera, un óleo sobre lienzo del genovés Pantaleone Calvo (activo en Cerdeña entre 1631 y 1664), que representa a la Virgen con el Niño y a San Francisco de Paola que intercede por las almas del Purgatorio, firmado y fechado en 1664.
El tercer altar de la izquierda y el tercero de la derecha son valiosas obras en madera dorada y policromada con suntuosos marcos barrocos, atribuidas al taller de los Recupo, ebanistas sicilianos documentados en Cerdeña entre finales del siglo XVII y principios del XVIII; en el primero, un lienzo que representa a dos ángeles con el símbolo de los Mínimos, que se remonta al pintor Sebastiano Scaleta (activo en la primera mitad del siglo XVIII) y, en la hornacina, el grupo escultórico con San Miguel que mata al dragón (siglo XVIII).
En el segundo, un lienzo que representa a la Virgen con el Niño entregando el rosario a Santo Domingo, probablemente también obra de Scaleta; en la hornacina, una Virgen entronizada con el Niño en madera dorada y policromada, quizás de un taller napolitano (siglo XV).
En el tercer quiosco de la izquierda, una estatua «vestida» de Nuestra Señora de los Dolores, atribuida a un taller napolitano del siglo XVIII; debajo, una pequeña escultura de alabastro del Cristo depuesto, que data del siglo XVIII.
La luneta y la bóveda del presbiterio fueron decoradas por la pintora de Cagliari Bacicia Scano en las primeras décadas del siglo XX; presentan, respectivamente, la canonización de San Francisco de Paula y El Eterno en gloria con la paloma del Espíritu Santo.
Durante los trabajos de restauración de 1997-99, se encontraron fragmentos de frescos, quizás del siglo XVII; separados y montados sobre lienzo, ahora se colocan en la sacristía.

Bibliografía
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M.G. Scano, «Pintura del siglo XVII», en la sociedad sarda en la era española, editado por F. Manconi, Quart, CRS, 1993;
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«, en Quaderni Oristanesi, 51-52, 2004