L'édifice religieux est situé en bordure du quartier de Stampace, dans une partie vallonnée construite à plat près des murs de Castello.
L'institution de l'ordre religieux des Clarisses remonte à 1212 et remonte à la volonté de François d'Assise. Au cours d'une période chronologique comprise entre la fin du XVIe siècle et le premier quart du XIIIe siècle, Cagliari a accueilli les Clarisses de Stampace dans le monastère, aujourd'hui disparu, qui a pris le titre de Santa Chiara, probablement fondé auparavant par des religieuses de règles différentes. Le couvent cloîtré des Pauvres Clavers a été administré par les frères de la ville voisine de San Francesco di Stampace jusqu'en 1587, date à laquelle il est entré, à la demande du pape Sixte V, sous les auspices de la cantine archiépiscopale. En 1895, à la suite de la promulgation, en 1866, de la deuxième loi supprimant les ordres religieux, le monastère était désormais administré par le Fonds pour le culte, mais il était toujours en vogue, même s'il n'abritait que sept religieuses contre les vingt-neuf certifiées par Martini en 1841 ; en 1897, il est devenu partie de l'État municipal. Au contraire, il a été abandonné au cours du XXe siècle : en 1911, il est devenu la propriété de l'Autorité des finances, pour revenir à la municipalité en 1922 et a finalement été sérieusement compromis par les bombardements aériens de 1943, suivis de la démolition de la plupart des ruines et, à partir de 1957, de la création du marché local. Les fouilles archéologiques et la restauration effectuées récemment, entre 1980 et le milieu des années 1990, par la Surintendance archéologique et la Surintendance de la BAPPSAE de Cagliari et Oristano ont précisé les hypothèses de datation relatives au complexe : l'église date du XVIIe siècle, bien que construite sur une ancienne salle romane, tandis que l'existence du couvent est attestée indirectement depuis les dernières décennies du XIIIe siècle, à l'époque de la domination pisane. Il est donc probable que la zone abritait un ancien complexe monastique, dans lequel le complexe franciscain a ensuite été inséré.
En ce qui concerne l'église de Santa Chiara, des documents d'archives ont confirmé l'insistance, très probablement sur le même site, d'une petite chapelle préexistante : en effet, la première attestation documentaire de l'existence d'une église dédiée à Santa Margherita remonte à 1256, dont la date de fondation est inconnue. Même en 1861, Spano a affirmé que le bâtiment actuel avait été construit au XVIIe siècle sous le titre de Santa Margherita, selon ce qu'il a pu détecter dans l'inscription S MARGARITA V M 1690, gravée sur le linteau du portail latéral et toujours visible. Cependant, certains chercheurs ont récemment émis l'hypothèse de l'existence de deux églises distinctes, bien que proches dans l'espace : l'église de Santa Chiara qui existe toujours et, en fait, celle de Santa Margherita, démolie en 1947.
Le bâtiment possède une seule grande nef avec des chapelles latérales et un presbytère rectangulaire surélevé, dont la hauteur et la largeur sont réduites par rapport à la salle de classe ; les intérieurs présentent une abondante décoration en stuc. La façade sobre en plâtre se termine par une gêne « comme une lampe de carabinier », à savoir un arc à double flexion, terminé ici par des volutes ; elle possède également deux ouvertures quadrangulaires symétriques par rapport au portail central, surmontées d'une petite niche avec un bassin orné d'une coque, abritant autrefois une statue. Le bas-côté a été tourné en carré, ponctué de contre-dépouilles posées sur des pieux rainurés érigés par le chapiteau corinthien, placés au niveau des contreforts extérieurs ; la voûte repose sur un cadre en saillie et entaillé au-dessus d'une frise décorée. Le chœur, où les religieuses ont participé à des fonctions liturgiques, repose sur un arc abaissé et possède une niche décorée d'une coquille, ainsi qu'une balustrade ornée d'un blason. Parallèlement à l'érection de l'église, en 1690, certaines sépultures ont été placées à l'intérieur de celle-ci recouvertes de pierres tombales en marbre, dont deux, datant du troisième quart du XVIIe siècle, ont récemment été déplacées sur une contre-façade ; au début du XVIIIe siècle, la sacristie a finalement été construite à côté du presbytère, abritant une tombe réservée à l'inhumation des religieuses.

Bibliographie
P. Martini, Histoire ecclésiastique de la Sardaigne, III, Cagliari, Royal Stamperia, 1841 ;
G. Spano, Guide de la ville et des environs de Cagliari, Cagliari, Timon, 1861 ;
F. Corona, Guide de Cagliari et de ses environs, Bergame, Institut italien des arts graphiques, 1894 ;
R. Salinas, « L'architecture de la Renaissance en Sardaigne — Les premiers exemples », dans Études sardes, XIVINIAN -XV, partie II, 1955-57 ; Santa Chiara. Restaurations et découvertes, édité par A. Ingegno, Cagliari, Pisano, 1993 ;
M.G. Meloni, « Notes sur la présence des clarisses en Sardaigne au Moyen Âge », dans Bulletin bibliographique et revue d'archives et études historiques de la Sardaigne, XI, fasc. 18, 1994 ; M. Pintus, « Architecture », dans les quartiers historiques de Cagliari. Stampace, Cinisello Balsamo, Silvana, 1995 ;
M. Dadea - S. Mereu - M.A. Serra, archidiocèse de Cagliari, série « Eglises et art sacré en Sardaigne », Cagliari, Zonza, 2000.