L'église fait partie du complexe du couvent de Minimi.
Fondé par Saint François de Paule (1416-1507), l'ordre a été approuvé en 1474 sous le nom de Congrégation ermite paulinienne de Saint François d'Assise ; il est devenu plus tard l'Ordre des Minimes.
Les Pères sont arrivés en Sardaigne en 1625 ; au milieu du XVIIe siècle, ils ont reçu un don de terrain près du port où, à la fin du siècle, ils ont construit le couvent actuel et l'église adjacente.
Le bâtiment, semblable à une salle de classe, avec trois autels de chaque côté et un profond presbytère rectangulaire, avait une façade avec un terminal « lampe de carabinier » et un portail encadré par des paires de colonnes corinthiennes. Ces caractéristiques apparaissent pour la première fois à Cagliari dans l'église de la Confraternita dei Genovesi, dédiée aux SS. Giorgio et Caterina (détruites par les bombardements de 1943) et construites vers 1615, et dans l'église de la Compagnie de Jésus, dédiée à Jésus, Marie et Sainte Thérèse, dont la construction a commencé en 1623 ; un point de référence commun, pour les deux, est le goût architectural maniériste de la Contre-Réforme, qui a fusionné en Sardaigne avec les modes gothique-catalan.
La couronne à double flexion de la façade est également présente, à Cagliari, dans les églises de Santa Chiara et Santa Restituta, toutes deux datant des premières décennies du XVIIe siècle.
Malheureusement, la façade de San Francesco, en 1926, a été considérée comme dépourvue d'intérêt artistique et a été démolie. Le nouveau prospectus néoclassique, conçu par l'ingénieur Ferraro et inauguré en 1932, répondait au goût artistique du régime fasciste ; la culture urbaine de cette époque comprenait également « des solutions d'alignement des façades à arcades de la Via Roma, datant de la fin du XIXe siècle ».
L'intérieur, quant à lui, a conservé sa structure du XVIIe siècle. La voûte en berceau de la salle de classe repose sur un cadre moulé qui ne présente aucune solution pour le presbytère ; les sous-arches qui la renforcent déchargent les pilastres rainurés fixés aux piliers sur les chapiteaux ioniques.
Parmi ces derniers, on trouve, à d'autres occasions, des kiosques à journaux et des autels architecturaux, inclus dans des arcs en plein cintre avec un intradosx encadré.
Le presbytère, construit sur une crypte de deux pièces destinée à l'inhumation des frères, est surélevé de quatre marches. Son mobilier, en marbre polychrome, a été réalisé par le Lombard Giovanni Battista Spazzi (1745 - 1797) vers 1793 ; l'autel a un mât rectangulaire avec des volutes angulaires et un blason central orné de l'image en bas-relief de Saint François de Paule qui traverse miraculeusement le détroit de Messine ; la niche abrite le simulacre en bois du Saint du XVIIIe siècle ; la balustrade qui le ferme est montée au centre sur deux lions.
Le premier autel de gauche, avec une base rectangulaire en marbre incrusté (début du XVIIIe siècle) abrite, à l'intérieur d'un kiosque à journaux en bois, une peinture à l'huile sur toile du Génois Pantaleone Calvo (actif en Sardaigne entre 1631 et 1664), représentant la Vierge à l'Enfant et Saint François de Paule qui intercède pour les âmes du Purgatoire, signée et datée de 1664.
Le troisième autel à gauche et le troisième à droite sont de précieuses œuvres en bois doré et polychrome avec de somptueux cadres baroques, attribuées à l'atelier des Recupo, des ébénistes siciliens documentés en Sardaigne entre la fin du XVIIe siècle et le début du XVIIIe siècle ; dans le premier, une toile représentant deux anges tenant le symbole des Minimes, remontant au peintre Sebastiano Scaleta (actif dans la première moitié du XVIIIe siècle) et, dans la niche, le groupe sculptural représentant Saint Michel qui tue le Dragon (XVIIIe siècle).
Dans la seconde, une toile représentant la Vierge à l'Enfant donnant le chapelet à Saint Dominique, probablement également l'œuvre de Scaleta ; dans la niche, une Vierge intronisant l'Enfant en bois doré et polychrome, provenant peut-être d'un atelier napolitain (XVe siècle).
Dans le troisième kiosque à journaux à gauche, une statue « vêtue » de Notre-Dame des Douleurs, attribuée à un atelier napolitain du XVIIIe siècle ; en dessous, une petite sculpture en albâtre du Christ déchu, datée du XVIIIe siècle.
La lunette et la voûte du presbytère ont été décorées par le peintre de Cagliari Bacicia Scano dans les premières décennies du XXe siècle ; elles représentent respectivement la canonisation de Saint François de Paule et L'Éternel en gloire avec la colombe du Saint-Esprit.
Lors des travaux de restauration de 1997-99, des fragments de fresques, datant peut-être du XVIIe siècle, ont été retrouvés ; détachés et montés sur toile, ils sont aujourd'hui placés dans la sacristie.

Bibliographie
G. Spano, Guide de la ville et des environs de Cagliari, Cagliari, Timon, 1861 ;
T.K. Kirova, « La pratique de la restauration dans les interventions architecturales et urbaines du quartier », dans les Districts historiques de Cagliari. Marina, Cinisello Balsamo, Silvana, 1989 ;
M. Pintus, « Église de San Francesco di Paola », quartiers historiques de Cagliari. Marina, Cinisello Balsamo, Silvana, 1989 ;
M.G. Scano, peinture et sculpture des XVIIe et XVIIIe siècles, série « Histoire de l'art en Sardaigne », Nuoro, Ilisso, 1991 ;
M.G. Scano, « La peinture du XVIIe siècle », dans la société sarde à l'époque espagnole, édité par F. Manconi, Quart, CRS, 1993 ;
A. Piseddu, « The Cagliari Saint Churches : Francis of Paola », dans Almanacco di Cagliari, 2004, sans pages ; I. Farci, « Maîtres marbriers ligures et lombards actifs en Sardaigne du milieu du XVIIIe siècle aux premières décennies du XIXe siècle siècle
 », dans Quaderni Oristanesi, 51-52, 2004