La cartografia del Seicento vede affermarsi la "geografia accademica" di Philip Cluver (Cluverio), completamente diversa dalla razionalità scientifica di Mercatore e basata essenzialmente sullo scavo e sul commento delle fonti e dei testi classici.

L'applicazione di questo metodo ha portato a dimostrare come la ricostruzione delle condizioni geografiche di età passate non sia possibile senza lo studio e l'osservazione diretta del presente. L'opera del geografo di Danzica, "Sicilia Antiqua, item Sardinia et Corsica", pubblicata a Leida nel 1619, è ricca di informazioni tratte dagli autori antichi, dai documenti epigrafici e dalla visita dei luoghi. Le fonti relative alla Sardegna sono però di seconda mano, tuttavia l'opera costituisce un punto fermo della storiografia sull'isola. La carta riprende gli schemi di fondo dei disegni di Rocco Cappellino, introducendo notevoli modifiche ma continuando a riportare il golfo di Cagliari a SE; il profilo costiero si presenta assai impreciso e l'orografia è convenzionale. La carta venne imitata da numerosi cartografi successivi al punto da diventare un vero e proprio stereotipo.

Il disegno di Cappellino è la base di un'altra importante carta del Seicento: la "Sardegna" dall'"Italia" del geografo Giovanni Antonio Magini, stampata a Bologna nel 1620. Per l'atlante d'Italia Magini preparò carte in gran parte originali, delineate in base a rilievi ufficiali. Per la Sardegna dovette ricorrere alla carta di Cappellino, che alla fine del '500 rappresentava l'unico lavoro di prima mano delle località ed eseguito sul campo. La carta, orientata con l'est in alto, riporta integralmente tutte le inesattezze nel disegno costiero, nell'orografia e nella toponomastica del prototipo, tuttavia essa fu ricopiata e imitata in tutta Europa, restando un modello insuperato per oltre un secolo.

Dalla seconda metà del XVI secolo, con la crescente minaccia degli stati barbareschi del Mediterraneo, il problema della difesa costiera dell'isola acquista una rilevanza di primo piano. Una conoscenza geografica esatta del territorio diviene quindi sempre più necessaria. Il primo documento cartografico spagnolo è la grande carta della Sardegna a stampa, anonima, conservata nella Bibliotheque Nationale di Parigi. Su di essa appaiono gli stemmi di Filippo IV e Francisco de Vico, giurista e storico sardo, reggente del Supremo Consiglio d'Aragona e autore della "Historia General de la Isla y Reyno de Sardeña", pubblicata a Barcellona nel 1639, cui la carta appare collegata, motivo per cui è lecito supporre una sua elaborazione a Sassari nel terzo o quarto decennio del secolo. La straordinaria importanza di questo documento, oltre alla raffinatezza dell'incisione e alla chiarezza tipografica, sta nel fatto che mostra un'aderenza alla realtà sorprendente. Da un lato appare molto vicina al modello mercatoriano, da cui vengono tratte le coordinate esterne, dall'altro se ne discosta nel disegno costiero che dimostra una conoscenza diretta dei litorali. La linea che indica la costa è ben delineata e sono indicate quasi tutte le torri. Gli alberi indicano l'ampia diffusione del bosco mentre rombi con piccoli punti raffigurano le colture cerealicole. I centri abitati sono disegnati con un simbolismo che evidenzia il numero di abitanti. Tuttavia la carta non ha inciso affatto nell'evoluzione della cartografia dell'isola.

Nel XVII secolo, con la progressiva decadenza dello stato spagnolo, cresce nel Mediterraneo la presenza commerciale e politico-militare della Francia, cui corrisponde anche uno sviluppo della produzione cartografica: il primo importante documento francese sulla Sardegna risale al 1640 ed è una carta manoscitta anonima, acquarellata a colori, conservata al British Museum di Londra, sicuramente frutto di ricerche dirette, come mostra la buona conoscenza delle isole minori e della linea costiera. Sono raffigurate numerose località e le città principali sono indicate con vedute prospettiche. Altro importante documento cartografico francese è la "Carte topographique des costes de l'isle de Sardaigne" disegnata a mano e dipinta a tempera nel 1682. In essa è tracciato alla perfezione il profilo costiero, a dimostrazione dell'alto livello di conoscenza delle coste mediterranee da parte della marina di Luigi XIV.