La catedral representa el punto de apoyo del centro histórico de Alghero, una ciudad que ha mantenido una fuerte identidad cultural catalana.
Con la «Bolla Aequum reputamus», preparada por Alejandro VI pero promulgada el 26 de noviembre de 1503 por el Papa Julio II, se aceptó la petición de Felipe II de reformar las antiguas diócesis sardas. En 1495, el soberano presentó a la Santa Sede un proyecto de revisión de la jurisdicción eclesiástica sarda, que contemplaba la reducción del número de diócesis.
Desde la reforma de 1503, las antiguas diócesis de Bisarcio, Castro y Ottana se fusionaron en un solo distrito con una nueva sede en Alghero.
La fortaleza, elevada al rango de ciudad por el rey en 1501 también por el nuevo papel que debió desempeñar, durante mucho tiempo no tuvo un edificio digno de servir de catedral.
El primer obispo, Pietro Parente, nombrado en 1504, residió en Sassari y ni siquiera los siguientes, hasta Durante dei Duranti (1538-41), residieron en la nueva diócesis sin catedral, cuya fábrica no se puso en marcha hasta la tercera década del siglo XVI y siguió adelante en medio de mil dificultades, a menudo de naturaleza económica.
Se supone que para 1547, el coro con las cinco capillas circulares radiales y el campanario octogonal de cañón que se eleva sobre la capilla central de la galería, con la fachada subyacente con el portal de lirios, siguiendo el modelo isabelino ahora consolidado de las catedrales catalanas, en particular de Barcelona. Posteriormente, las obras se ralentizaron y se reanudaron con renovado vigor bajo el obispado de monseñor Pietro Pérez del Frago, elegido en 1566. Unos años antes, un arquitecto italiano o clasicista —quizás el propio Rocco Capellino, ingeniero militar en Cerdeña que comenzó en 1552 con el objetivo de adaptar las fortalezas de la isla a las nuevas técnicas bélicas— dio un giro renacentista a la construcción.
De las cinco capillas radiales que componen la faja, la primera del s., de planta rectangular y abovedada sin nervaduras con patas de inspiración renacentista, debe considerarse la última ejecutada en orden cronológico, cuando se impuso el nuevo concepto arquitectónico del clasicismo. A partir de este momento, la obra continuará según un diseño renacentista tardío que incluía una gran sala longitudinal dividida en tres naves y que se unía al cuerpo gótico mediante un vasto crucero.
Las ordenaciones del obispo Bacallar, el 18 de septiembre de 1593, atestiguan la consagración del edificio, aunque no se puede decir que la fábrica se completó realmente hasta mediados del siglo XVII. En 1638, de hecho, se cubrieron el crucero y el crucero, que se convirtieron, respectivamente, en un pabellón y una cúpula octogonal sobre un alto tambor con ventanas.
Las naves ya habían sido volteadas a finales del siglo anterior, y la mayoría tenían una bóveda de cañón ligeramente rebajada situada sobre una repisa sostenida por grandes estanterías clásicas y delimitadas por subarcos que dividen el espacio inferior en crujías. La mínima diferencia en los brazos ortogonales confiere a la estructura longitudinal una centralidad renacentista, destacada por el acentuado desarrollo de la altura de las naves.
El campanario, con un cañón octogonal coronado por una aguja piramidal, forma parte de un tipo común en Cataluña (capilla de Santa Ágata y catedral de Barcelona).
Entre los muebles de mármol, debido a las superposiciones barrocas de finales del siglo XVIII, destacan el púlpito y el monumental altar mayor, obra de Giuseppe Massetti, de Génova (1727).
El pronaos neoclásico es el resultado de la reconstrucción en el siglo XIX de la fachada original de finales del Renacimiento.

Historia de
los estudios La iglesia es objeto de estudio en el volumen de Francesca Segni Pulvirenti y Aldo Sari sobre la arquitectura del gótico tardío y del Renacimiento (1994) y de Salvatore Naitza sobre la arquitectura purista y de finales del siglo XVII (1992).

Bibliografía de S. Naitza, La arquitectura desde finales del siglo XVII hasta el clasicismo purista.
Nuoro, Ilisso, 1992, hoja 64;
F. Segni Pulvirenti - A. Sari, Arquitectura gótica tardía y renacentista. Nuoro, Ilisso, 1994, hoja 32.

Cómo
llegar En el paseo marítimo de Magallanes, en el estrecho tramo entre la torre «de Castilla» y la «de la Magdalena», se abre la Porta a Mare, que conduce a la Plaza Cívica. Desde aquí, a la derecha, se pasa a la pequeña plaza del Duomo, desde donde se alza la catedral de Alghero.